Ellen wurde am 30. Juni 1872 in Berlin als Tochter von Louis und Pauline Philippi geboren und hatte fünf Geschwister.
Sie heiratete Hendrik Roelof Citroen, der aus einer niederländischen Textilindustriellen-Familie stammte. Er war von Amsterdam nach Berlin gezogen. Die Familie baute ein Haus in der Derfflinger Straße 21, wo Ellen Citroen auch eine Armenküche betrieb.
Das Ehepaar hatte vier Kinder:Paul, der später eine Karriere als Künstler machen sollte, Chanan Cidor (Hans), Ilse Luise und Charlotte. Hendrik Roelof Citroen starb im Oktober 1932 und wurde auf dem Jüdischen Friedhof in Berlin-Weißensee beigesetzt.
Nach der Machtübertragung an die Nationalsozialisten floh Ellen wie andere Familienmitglieder auch, in die Niederlande, wo sie vorübergehend Schutz fand. Nach dem Einmarsch der deutschen Truppen wurde sie in den Lagern Vught-Hertogenbosch und Westerbork interniert.
Sie wurde im Februar 1944 von Westerbork nach Bergen-Belsen deportiert, wo sie am 8. Januar 1945 ermordet wurde.